En 2004, l'UEFA modifie le format de la compétition, ajoutant un second tour préliminaire, et transformant le deuxième tour en phases de poules, avec huit groupes de cinq équipes s'affrontant une seule fois (deux fois à domicile et deux fois à l'extérieur), les trois premiers se qualifiants pour les seizièmes de finales. Les huit premiers de leur groupe affrontent les huit troisièmes ; mais les huit deuxièmes affrontent les repêchés de la Ligue des champions.

La compétition est ouverte aux vainqueurs des coupes nationales et aux clubs terminant leur championnat directement derrière ceux qui participent à la Ligue des champions. Enfin trois équipes peuvent prendre part à cette compétition sur la base d'un classement fair play.

Les 16 clubs éliminés lors du troisième tour préliminaire de la Ligue des champions participent au premier tour de la Coupe UEFA alors que les troisièmes de la phase de groupes de Ligue des champions participent aux seizièmes de finale.

Comme c'est le cas pour toutes les autres compétitions de clubs, le nombre de clubs engagés par association et leur point d'entrée dans la compétition dépend du coefficient UEFA de l'association.

2013 :

Après avoir perdu en match aller des barrages à Chypre contre l'Apollon Limassol 2 à 0 le 22 août 2013, l'OGCNice sort de la compétition après le match de barrages retour malgré sa victoire à domicile 1 à 0 face aux chypriotes.

Barrages :

  
    Match aller                                        Match retour
     22/08/2013                                         29/08/2003
    Score 2-0                                          Score 1-0